El juicio se desarrolló en un ambiente de hostigamiento hacia los jueces, los medios de comunicación e integrantes de organismos de DD. HH. Además de los clásicos llamados telefónicos anónimos, pintadas o cartas para intimidar, sucedieron varios hechos alarmantes.
Se registraron amenazas de represalias contra la periodista de LV4 Radio Nacional San Rafael que retransmitía las instancias de las audiencias, así como a quienes cubrían los juicios para los Organismos de San Rafael. Asimismo, Alicia Morales, reconocida ex presa política y esposa del desaparecido Juan José Galamba, fue víctima de dos entraderas en su finca de cuadro Benegas, en una de ellas le robaron el sable de su padre y dejaron un mensaje mafioso con claro contenido ideológico.
En el mismo sentido, el presidente del tribunal, Roberto Burad, fue víctima de un ataque a su domicilio. En las últimas instancias del juicio, próximo a dictar sentencia, desconocidos arrancaron la reja de una ventana de su vivienda en Ciudad mientras su esposa estaba durmiendo. Entraron y salieron sin llevarse nada. El magistrado lo
denunció públicamente en una de las audiencias y solicitó custodia policial para el domicilio.
A partir de estas experiencias, los Organismos de DD. HH. junto a dependencias gubernamentales empezaron a adoptar estrategias para dotar de seguridad a los distintos actores que se encontraban en estado de vulnerabilidad frente a la arremetida de sectores vinculados al terrorismo de estado.
